Mit dem 2005 in Kraft getretenen Hochschulgesetz des Landes Baden-Württemberg hat der Gesetzgeber den Hochschulen mehr Entscheidungsfreiheit und Verantwortung übertragen. Es stärkt insbesondere die Stellung des Rektorats. Ihm wird mit dem Hochschulrat ein Kontrollorgan zur Seite gestellt, das in seiner Funktion einem Aufsichtsrat ähnelt. In gleichem Zuge weitet das Gesetz auch die Eigenverantwortung der Fakultäten aus.

Die Selbstverwaltungsorgane der Hochschule Ulm umfassen Hochschulrat, Senat, Fakultätsrat, die studentischen Vertretungen sowie den Personalrat.