Die Hochschule Ulm wird vom Rektorat geleitet. Ihm gehören der Rektor, zwei Prorektoren und der Kanzler an. Das Rektorat ist insbesondere für die Geschäftsfelder Haushalt, Personal, Leistungsbezüge, Körperschaftsvermögen sowie Struktur- und Entwicklungsplanung, bauliche Entwicklung, Aufstellung des Haushaltsplanes, Personalentwicklung, Verteilung der der Hochschule zur Verfügung stehenden Mittel und Stellen, Abschluss von Hochschulverträgen und Zielvereinbarungen verantwortlich.